Philippe Funfrock de Proteogenix : l'innovation comme ADN

Qui êtes-vous ?

Nous sommes une CRO (Contract Research Organization) spécialisée dans la découverte et l’ingénierie d’anticorps et de protéines. Nous intervenons principalement dans les premières étapes du développement de biomédicaments — juste avant la phase préclinique — ainsi que dans les projets de diagnostics. Nos clients incluent des laboratoires pharmaceutiques, des entreprises du diagnostic, de la santé animale, ainsi que des instituts de recherche. Nous proposons une offre complète de services allant de la découverte d’anticorps jusqu’à la bioproduction. En amont, nous pouvons également prendre en charge la synthèse de gènes ou de peptides nécessaires à la génération d’anticorps.
Notre siège ainsi que nos laboratoires sont basés à Schiltigheim, près de Strasbourg, depuis notre création en 2003. Nous sommes également présents aux États-Unis (Research Triangle Park, NC) et en Asie. Au total nous sommes une équipe de 170 collaborateurs, experte et impliquée.

Comment se porte votre marché ?

Le marché des anticorps thérapeutiques est en pleine expansion. D’ici 2030, il est estimé qu’il dépassera les 300 milliards de dollars à l’échelle mondiale.

Cette croissance est principalement tirée par les anticorps monoclonaux (mAbs), qui sont aujourd’hui au cœur des stratégies thérapeutiques dans le traitement des cancers, des maladies auto-immunes et infectieuses. À ce jour, les mAbs représentent plus de la moitié des nouvelles autorisations de médicaments biologiques.

Quelles sont les dernières grandes avancées dans le domaine ?

L’innovation dans notre secteur est à la fois rapide et passionnante.

D’un point de vue technologique, la méthode du phage display a été une avancée majeure. Elle permet de cribler des bibliothèques extrêmement diversifiées — contenant jusqu’à 10⁹ à 10¹¹ variants — afin d’identifier des anticorps hautement spécifiques avec des délais considérablement réduits. Les souris humanisées et le single B-cell apportent des alternatives innovantes très utiles selon la nature des projets.

De nouveaux formats sont également apparus, comme les anticorps bispécifiques (BsAb), capables de cibler deux antigènes à la fois, les ADC, les CAR-T ou les nanobodies, dérivés des anticorps de camélidés, qui se distinguent par leur petite taille et leur capacité à atteindre des zones difficilement accessibles, comme les replis protéiques ou les tissus denses.

Et bien sûr, l’intelligence artificielle (IA) est en train de transformer en profondeur l’ensemble de la chaîne de découverte,d’ingénierie et de bioproduction des anticorps.

Pouvez-vous nous en dire plus sur l’apport de l’IA ?

L’IA apporte des avancées majeures dans plusieurs domaines clés. Elle permet notamment de mieux cibler des structures complexes comme les protéines transmembranaires à passages multiples (par exemple les GPCRs), en améliorant l’identification des épitopes et en s’assurant que la cible est bien reconnue dans la bonne conformation.

Elle est aussi utilisée pour des étapes cruciales telles que la maturation d’affinité ou l’humanisation des anticorps, indispensables pour les applications thérapeutiques.

Mais le véritable changement de paradigme, c’est que l’IA permet aujourd’hui de générer des anticorps de manière entièrement in silico. On peut désormais passer outre les étapes traditionnelles d’immunisation ou de criblage, et accéder directement à des séquences optimisées, prêtes à être testées en laboratoire.
C’est une révolution.

Cela dit, il ne faut pas voir l’IA comme un substitut au laboratoire. C’est la synergie entre l’intelligence artificielle et l’expertise du “wet lab” qui permet de tirer le meilleur parti de ces innovations.

Quelles sont vos dernières actualités ?

L’innovation est dans notre ADN. Nous venons de lancer XtenCHO Race, notre nouveau système d’expression transitoire de protéines. Fruit de plusieurs années de recherche et développement, il établit de nouveaux standards en termes de rendement et de rentabilité.

Et nous venons d’ouvrir notre bureau aux États-Unis, dans le Research Triangle Park, un écosystème de référence pour la biotechnologie. Cette implantation nous permet de renforcer notre proximité avec nos clients nord-américains et d’accélérer notre développement à l’international.

Notre plus grande fierté, c’est de contribuer aux avancées de la recherche médicale et de le faire avec passion et engagement.